Релігійна громада Церкви у Чернівцях розпочала свою діяльність на початку 1997 року. Громаду було офіційно зареєстровано 11 вересня того ж року. Так само було утворено Чернівецьку філію у складі Київської місії. З тих пір члени Церкви у Чернівцях проводять богослужіння в орендованих приміщеннях.
З 2013 до 2018 року за Чернівецьку область відповідала Львівська місія Церкви. У 2016 році Чернівецька філія увійшла до складу Львівського округу, до якого належать церковні підрозділи на заході України.