Представники Церкви вперше відвідали Ужгород у травні 1930 року, коли територія Закарпатської області знаходилася у складі Чехословацької Республіки. У квітні-травні 1930 року президент Чехословацької місії Церкви Артур Ґет разом з двома місіонерами подорожували Закарпаттям. Вони приїхали для того, щоб ознайомитися з життєдіяльністю місцевого населення та дізнатися про гуманітарні потреби в регіоні. В Ужгороді вони зустрілися з губернатором і відвідали різні святині міста.
Історія Церкви в Ужгороді в часи незалежності починається наприкінці 1990-х років. У червні 1998 року представники Київської місії відвідали місто для проведення зустрічей. Потім у 1999 році мешканці Ужгорода приєдналися до Церкви в Угорщині і в Україні. Офіційно релігійну громаду було зареєстровано 13 грудня 1999 року.